Perpetrado el atentado, se creó una comisión bicameral en 1995, que finalizó su actividad en 2001 sin lograr avances significativos para esclarecer el hecho.
El 20 de julio de 1995 se creó en Diputados la Comisión Bicameral Especial de Seguimiento de la investigación de los atentados a la Embajada de Israel y al edificio de la AMIA, que quedó definitivamente constituida en septiembre de 1996 cuando se integraron los senadores designados.
La comisión estuvo compuesta originalmente por varios legisladores de renombre. El más destacado por su rol a posteriori fue Cristina Fernández de Kirchner. Pero también participaron otros con peso propio como Carlos “Chacho” Alvarez – luego vicepresidente durante el mandato de Fernando De la Rúa -, Augusto Alasino – más tarde acusado y absuelto en la causa por coimas en el Senado -, Miguel Pichetto – actual presidente de bloque del FPV en el Senado- y varios más. Su presidente era Carlos Soria, asesinado por su esposa en enero de 2012 mientras se desempeñaba como gobernador de Rio Negro.
La comisión elaboró tres informes sobre sus actividades. El primero abarcó el periodo comprendido desde su constitución hasta el 16 de julio de 1997. El segundo abarca la actividad de la Bicameral desde esa fecha hasta el 25 de agosto de 1998; en esa etapa se incorporaron a la comisión los senadores Branda y Vaquir. El tercero y último, abarcó hasta 2001, período durante el cual también se sumó el diputado Juan Pablo Cafiero.
Durante todo el ciclo concurrieron a la comisión el juez Juan José Galeano, el titular de la SIDE, Hugo Anzorregui, los ministros Carlos Corach (Interior) Guido Di Tella (Relaciones Exteriores) y Raúl Granillo Ocampo (Justicia), el gobernador de la provincia de Buenos Aires, Eduardo Duhalde, el comisario Jorge “Fino” Palacios y un sinfín de funcionarios judiciales y de otras áreas relativas a la investigación. El nombre más rutilante a la luz de los hechos fue el de un fiscal que se había sumado en 1997 al equipo de investigación de la causa AMIA: el recientemente fallecido Alberto Nisman.
Una declaración de trascendencia fue la del prosecretario del juez Juan José Galeano, Claudio Lifschitz, quien solicitó declarar ante la Bicameral. El 29 de agosto de 2000 se expidió sobre numerosos puntos de gran relevancia relacionados con la instrucción de la causa. Ya en los medios se habían publicado muchas de las denuncias que formuló ante la Comisión, entre ellas, había manifestado que existía otro video efectuado en el Juzgado del Dr. Galeano, en el cual podía verse cómo le habían exhibido a Carlos Alberto Telleldín fotografías de los policías que luego reconocería durante la declaración indagatoria. Este hecho dividió a la Bicameral: el tercero es el único de los informes que tiene consideraciones tan disímiles.
Con estos antecedentes, la creación de una comisión investigadora que siga los avances judiciales en el caso Nisman son, al menos, poco alentadores para el esclarecimiento del suceso.